总理事会是WTO的常设机构和执行机关，由WTO全体成员方代表组成，通常每年大约举行六次会议。在部长级会议休会期间，总理事会监督WTO各方面的工作，同时处理最重要的紧急事务。除了履行行政职能外，总理事会还有两项具体的职能。一是作为争端解决机构（Dispute Settlement Body）管理附件2的运行；二是作为贸易政策审议机构（Trade Policy Review Body）管理附件3的运行。
为了充分、有效地履行其职能，总理事会还下设三类分支机构。第一类是负责WTO具体运作的，主要包括处理相关领域事务的货物贸易理事会、服务贸易理事会和与贸易有关的知识产权理事会。第二类是负责跨部门业务的有关功能的委员会。第三类主要是处理诸边协议的委员会。
2001年在多哈部长级会议上通过了《多哈发展议程》，为了方便该议程的实施，总理事会下设了专门的贸易谈判委员会及相关机构。